甲基化特異性PCR(MSP)
甲基化是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA Methyltransferase, DNMT)催化作用下,利用S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine,SAM)提供甲基,在CpG二核苷酸中胞嘧啶嘧啶環(huán)的五號碳原子上加上甲基的共價修飾過程。
DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,它不改變DNA的一級結(jié)構(gòu),卻在細胞的發(fā)育、基因的表達、及基因組的穩(wěn)定性中起著重要的作用。CpG島的高甲基化是腫瘤中存在的普遍現(xiàn)象,而啟動子CpG島的高甲基化是除突變和缺失外腫瘤中抑癌基因失活的第三種機制。
因此,基因啟動子甲基化檢測在臨床診斷(如甲基化檢測與低劑量CT相結(jié)合)、藥物敏感性檢測等方面具有很高的應用價值。
目前甲基化特異性PCR(Methylmion Specific PCR,MSP)及其改進方法是檢測基因甲基化的經(jīng)典方法.MSP法的原理是首先用亞硫酸氫鈉修飾處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶都被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則不變。然后設(shè)計針對甲基化和非甲基化序列的引物并進行聚合酶鏈反應(PCR)擴增,最后通過瓊脂糖凝膠電泳分析,確定與引物互補的DNA序列的甲基化狀態(tài)。MSP法靈敏度較高,應用范圍廣。
MSP實驗流程:
難點:
1、實驗流程長,操作煩瑣,不易控制;
2、起始DNA量不能太多,否則修飾不完全;但量太少,在漫長的修飾、回收過程中容易丟失,所以要求熟練而精細的實驗操作。
3、修飾過程中的pH值要絕對準確、所有試劑要求新鮮配置,并且需要反復摸索找出合適的反映時間。
4、PCR引物設(shè)計、退火溫度選擇、Taq酶及Buffer的選擇都需要不斷優(yōu)化。
總之,在MSP過程中,影響結(jié)果的因素比較多,想要得比較好的實驗結(jié)果,不僅要求高質(zhì)量的實驗試劑,更要求豐富的實驗經(jīng)驗和良好的實驗習慣。
尚柏生物憑借多年分子生物學實踐經(jīng)驗和穩(wěn)定的技術(shù)平臺,還有數(shù)百例MSP的成功經(jīng)驗,已經(jīng)建立了甲基化檢測的技術(shù)體系,并且在臨床應用方面與多家醫(yī)院建立了穩(wěn)定的合作關(guān)系!
使用儀器:美國應用生物系統(tǒng)公司(ABI)VeritiTM梯度PCR儀